Egy híd jelentős beavatkozás lehet a patak élőhelyének világába – gyakorlatilag megbontja, kettészakítja annak egységét. Egy hídfelújítási munka még inkább megzavarja az élővilágot. Ezért a Bükkös-patak János utcai híd körüli szakaszára a híd és a meder műszaki védelmére olyan átfogó terv készült, mely a természetvédelmi szempontokat figyelembe veszi. Már a pillérmegerősítés során szükségessé vált beavatkozásokat is a kíméletesség jegyében tervezték meg. A munkálatok idejére a két ágon futó patak pillér melletti ágát eltorlaszolták, hogy a betont a pillér alá tudják pumpálni. A két ág közötti, élőhelyet változatossá tevő kavicszátonyt és mély medencét nem bontották el. A mederbiztosításra vonatkozó további tervek is próbálják ezt a drasztikus beavatkozást megelőzni.
A pillér alábetonozása után a munkaterületet úgy alakították vissza, hogy minél természetközelibb lehessen, mely célt a nagyobb vízhozam segíteni fogja. A kíméletes beavatkozás célja, hogy a beavatkozás minél inkább megőrizze természetes voltát, és a vízfolyás medre hosszában átjárható legyen a vízi élőlények számára. A Bükkös olyan ritka halfajoknak ad otthont, mint a fokozottan védett kárpáti márna, a védett kövicsík és dunai küllő, de szép számmal akad fejes domolykó, és él a patakban szintén védett kövi rák is. A patakpart – belvároson kívüli szakaszának – természetközeli állapotát sikerült megőrizni. A patakmente 1993 óta helyi védettséget élvez: óvva a gyorsan növő, viszonylag hosszú életű enyves égeres erdősávot a parton, és a számtalan védett élőlényt.